Монгол Улсын Цагаатгах ажлыг удирдан зохион байгуулах Улсын комисс нь БНМАУ-ын Ерөнхийлөгчийн 1990 оны 12 дугаар сарын 25-ны өдрийн 56 дугаар зарлигаар байгуулагдсан.
Улсын комисс нь төрийн бие даасан орон тооны бус байгууллага бөгөөд үйл ажиллагааныхаа тайланг Улс төрийн хилс хэрэгт хэлмэгдэгчдийг цагаатгах, тэдэнд нөхөх олговор олгох тухай хуульд заасны дагуу Монгол Улсын Үндэсний аюулгүй байдлын зөвлөлд хүргүүлдэг, комиссын бүрэлдэхүүнийг Монгол Улсын Ерөнхийлөгч баталдаг, комиссын нарийн бичгийн дарга, түүний ажлын алба нь орон тооны байгууллага тул комиссын өдөр тутмын үйл ажиллагааг удирдаж зохион байгуулдаг.
Аймаг, нийслэл, сум, дүүргүүдэд тухайн орон нутгийн иргэдийн Төлөөлөгчдийн Хурлын Тэргүүлэгчдийн дарга, нарийн бичгийн дарга нар Цагаатгах ажлыг удирдан зохион байгуулах салбар комиссын дарга, нарийн бичгийн даргаар тус тус ажилладаг бөгөөд баг, хороонд улс төрийн цагаатгалын ажлыг Засаг дарга нар хариуцдаг. Мөн холбогдох хуулийн байгууллагуудад энэ асуудлыг хариуцсан ажилтан ажилладаг болно.